Στη Μακεδονία τα πράγματα ήταν ακόμα πιο δύσκολα. Την περιοχή κατείχαν ακόμα οι Τούρκοι, αλλά και τη διεκδικούσαν και οι Βούλγαροι [ που την έχασαν μετά το συνέδριο του Βερολίνου]. Οι Βούλγαροι άρχισαν να στέλνουν στην Ελλάδα αντάρτες [ κομιτατζήδες] οι οποίοι στόχο είχαν τα ελληνικά σχολεία και τις εκκλησίες, αν και ήταν κι αυτοί ορθόδοξοι. Έμπαιναν στα χωριά , έκαιγαν τα σχολεία και προσπαθούσαν να κάνουν τους κατοίκους να ενταχθούν στη βουλγαρική εκκλησία.
Κάποιοι αξιωματικοί του ελληνικού στρατού όπως ο Παύλος Μελάς και ο Τέλος Άγρας μαζί με οπλαρχηγούς από την Κρήτη και τη Μάνη οργάνωσαν ένοπλες ομάδες Ελλήνων εθελοντών και μπήκαν κρυφά στη Μακεδονία με σκοπό να βοηθήσουν τον ελληνικό πληθυσμό.
Αυτές τις ομάδες συντόνιζαν Έλληνες διπλωμάτες που υπηρετούσαν στη Μακεδονία [ Δραγούμης, Κορομηλάς] και ο Μητροπολίτης Καστοριάς Καραβαγγέλης. Το επίσημο ελληνικό κράτος δεν συμμετείχε. Δυστυχώς το 1904 σκοτώθηκε από Τούρκους ο Παύλος Μελάς στην πόλη Σιάτιστα κοντά στην Κοζάνη. Αυτό συγκλόνισε τους Έλληνες και ανάγκασε την ελληνική κυβέρνηση να κινητοποιηθεί.
Η αντεπίθεση των Ελλήνων ανάγκασαν του Βουλγάρους να σταματήσουν να προχωρούν νοτιότερα, αλλά δεν αποσύρθηκαν τελείως. Το 1908 οι συγκρούσεις σταμάτησαν .
Ο λόγος ήταν ότι στην Οθωμανική αυτοκρατορία εμφανίστηκαν οι Νεότουρκοι, οι οποίοι ήταν φιλελεύθεροι Τούρκοι που αντιδρούσαν στην κακή διοίκηση του Σουλτάνου αλλά και στην επέμβαση των Μ. Δυνάμεων στην Οθωμανική αυτοκρατορία. Οι Νεότουρκοι υποσχέθηκαν σε Έλληνες και Βούλγαρους αντάρτες να τους δώσουν δικαιώματα. Οι συγκρούσεις για τη Μακεδονία συνεχίστηκαν στους Βαλκανικούς πολέμους.